Según versiones de familias tradicionales de la región, la localidad debe su nombre al Molle, árbol silvestre autóctono muy común en la vegetación de las sierras de San Luis que, por raro capricho de la naturaleza, se extendía en gran cantidad particularmente en esta zona cubriendo desde las laderas de las Sierras Comechingones hasta el Valle del Conlara.
La Iglesia y la Escuela Municipal -hoy Escuela Provincial Nº 237 "Maestra Trinidad Chirino"- encuentran sus orígenes en 1910, mientras que la Municipalidad fue creada en 1954 siendo su primer intendente el Sr. Doroteo Olmedo.